参见：广州国民政府 广州国民政府
袁世凯死后，军阀割据，南方各省逐渐脱离北洋政府。1918年7月，云南和两广人士退出国会，在广州成立了广州军政府，形成南北对峙。1925年孙中山应冯玉祥之请，北上商讨国事，不料肝炎复发病逝于北京。为了统一全国，中国国民党政治委员会决议筹组国民政府。国民政府于1925年7月1日在广州正式成立，采取委员制，以汪精卫为主席；并设置军事委员会，以蒋介石、汪精卫、谭延闿为常务委员，汪精卫为兼任主席，并取消各地方部队名称，统一称作国民革命军，计划北伐。
参见：武汉国民政府 武汉国民政府
1926年10月国民革命军占领武汉三镇。11月8日，国民党中央政治会议决定迁中央党部和国民政府到武汉。12月5日，国民党中央正式宣布中央党部和政府停止在广州办公，各机关工作人员分批前往武汉，1927年2月21日武汉国民政府正式办公。在广州国民政府停止办公到武汉国民政府正式办公此段期间，以“中国国民党中央执行委员与国民政府委员临时联席会议”作为临时领导机构，徐谦为联席会议主席。武汉国民政府不设主席，以汪精卫、谭延闿、孙科、徐谦、宋子文五人为常务委员。武汉国民政府运作至“宁汉合流”。
参见：南京国民政府 南京国民政府大楼
1926年，国民革命军攻克了湖南、湖北、江西和福建的主要城市，于是广州国民政府联席会在11月决议将国民政府北迁武汉，即为国民政府。
然此时的国民政府受到苏联以及共产党所影响，引发国民党右派对于左派亲共的不满。1927年，北伐军攻克了上海与南京，蒋介石于3月抵达上海后，决定实行“清党”，并于4月18日成立南京国民政府。[1] 在成立大会上，发布了中国国民党中央政治会议关于奠都南京的宣言以及《国民政府宣言》，提出国民革命方略四条：密切革命军与人民的配合；造成廉洁政府；提倡保护国内实业；保障农工团体利益并扶助其发展。南京国民政府采取委员制，由蒋介石、胡汉民、张静江、吴稚晖等十二人为政府委员，胡汉民为政府主席，蒋介石为国民革命军总司令，吴稚晖为总司令部政治部主任。政府各部门设有：秘书长（钮永建），财政部长（古应芬，钱新之代），外交部长（伍朝枢），民政部长（薛笃弼），司法部长（王宠惠），大学院院长（蔡元培）。政府辖区包括江苏、浙江、安徽（一部）、福建、上海、南京、广东、广西等。也开始形成宁汉分裂之局面；直到8月武汉的国民党与国民政府执行分共清党，以及蒋介石在汪精卫的要求下辞去总司令之后，才宣布合作。1928年2月3日至7日，中国国民党二届四中全会在南京召开，会议通过了“改组国民政府”等议案。规定国民政府接受中国国民党中央执行委员会指导、监督，掌理全国政务，政府委员由国民党中央委员会选举，政府部门设有内政、外交、财政、交通、司法、农矿、工商等部以及军事委员会、最高法院、监察院、大学院等。会议推举谭延闿为国民政府主席，蒋介石为军事委员会主席兼国民革命军总司令。同年9月，国民党二届五中全会在南京召开，宣称全国进入训政时期，由国民政府执行训政职责，并决定以五院制组成国民政府。同年10月，南京国民政府公布《中华民国国民政府组织法》，规定国民政府总揽中华民国之治权，政府由行政院、立法院、司法院、考试院、监察院组成，设主席一人，委员十至十二人，国民政府主席兼任陆海空军总司令。同时，任命蒋介石为国民政府主席兼陆海空军总司令。至此，南京国民政府的政权组织形式渐趋完备。 南京国民政府旧址