昆山在新石器时代已有人类居住。
夏、商时期，地属扬州。
周时地称娄邑（见载于清代《昆山县志》），属吴国。
春秋时期，吴王寿梦曾在这里豢鹿狩猎，故又名鹿城。春秋末年，巴城属吴国管辖，位于都城姑苏的东部。
战国吴王夫差二十三年（前473年），越灭吴，地属越国。楚威王（前339—前329年）灭越，地属楚国。
秦始皇二十六年（前221年），秦统一中国，实行郡县制，置疁县，属会稽郡；始皇二十四年（前223年），秦灭楚后在吴、越故地置会稽郡，以吴县（今苏州市区）为郡治。秦二世三年（前207年），改疁县为娄县。
西汉高祖六年（前201年），娄县属荆国。高祖十一年（前196年），荆国除，娄县属会稽郡。高祖十二年（前195年），立刘濞为吴王，治荆国旧地，娄县属吴国。景帝四年（前153年），吴国废，立刘非为江都王，治吴国旧地，娄县属江都国（见《汉书》、《史记》、《晋书》）。武帝元狩二年（前121年），江都国废，娄县属会稽郡。
王莽始建国年间（9—13年），娄县更名娄治，属会稽郡。
东汉建武十一年（35年），复名娄县，仍属会稽郡。永建四年（129年），分会稽郡置吴郡，娄县属吴郡。
三国、晋、南朝宋齐，娄县属吴郡。南梁天监六年（507年），分吴郡设信义郡，分娄县置信义县，属信义郡，余下的娄县仍属吴郡。南梁大同三年（536年），娄县改名昆山县，改属信义郡，昆山县范围大致与秦疁县相同。
隋文帝统一中国后，开皇九年（589年），废信义郡、信义县、昆山县，两县地归苏州（此时苏州已得名）。开皇十八年（598年），复置昆山县，属苏州。大业元年（605年），苏州改为吴州；大业三年（607年），吴州改为吴郡，昆山均为属县。
昆山地域，经数代置废分合，变化较大。唐以前县境广至今嘉定县全境及太仓县、宝山县、青浦县、上海县、松江县等部分境域。从唐代始至20世纪50年代末，县境历经多次演变成为如今范围。故娄、信义、新阳县治均设于境内。