甜蜜的夏威夷假期结束，因博士结婚，柯南和小哀一起搬入工藤家中，“平成的福尔摩斯”和“帝丹公主”也开始了最后一年的高中生活，原本平静高三却因为开学后莫名的编班，笑面虎的教导主任，神秘的班主任，奇怪的转校生…而变得迷雾重重，波澜四起，甚至连黑衣组织也有了复苏的迹象，已经八年未经磨练的两人还有能力去应对这些吗……
江户川柯南 江户川柯南
本故事的男主角
年龄：18岁
生日：5月4日
身高：1.74米
女友：灰原哀
住址：博士家（前二十章），工藤家（二十章---）
班级：帝丹高中三年B班
社团：足球部，是足球队内的皇牌球员
称号：平成的福尔摩斯，日本警界的救世主，工藤新一第二，帝丹的荣誉
简介：他一埋首於案件时便兴奋得像一名小孩，不过随著时间的流逝，他爱表现的性格都有所改善。他除了推理外的事，就是要成为一次全国足球大赛的优胜者（高二时为破案在决赛时中途退出，最终帝丹落败）
灰原哀 灰原哀
本故事的女主角，
年龄：18岁
生日：12月24日（其实是12月1日）
身高：1.69米
班级：帝丹高中三年B班
住址：博士家（前二十章），工藤家（二十章---）
社团：化学部
职位：帝丹高中学生会的会长
称号：天才少女，帝丹公主
简介：她在刚步进帝丹高中后的第一年，便以压倒胜的票数嬴取了当时的校花选举，天才般的智商和惊为天人的美貌令所有人都羡慕不已，更在一年级时便加入了学生会，一时间成为了整间学校的女生公敌，但是随著时间和她的稳重表现，别人的闲言闲语都消失了。哀除了自己擅长的化学知识外，对於解决复杂的问题有独特的见解，更有极出色的领导能力，而且有不下於柯南的推理智慧，连娱乐圈的人都在打她的主意，只是她一向都不喜欢在别人面前表现，这些事情在随后都是不了了之。她的头发比往常长了少许，大约是长到她的肩膊上（样子倒像日本女星酒井法子，，更能够显出她成熟和青春的气色。她的心愿，便是可以平稳地渡过最后一年的高中生活。）
吉田步美 吉田步美
年龄：17岁
生日：7月20日
身高：1.60米
班级：帝丹高中三年B班（女班长）
社团：足球部（助理）
称号：小天使
简介：灰原哀最要好的姊妹，由小孩时代开始，她一直都暗恋著江户川柯南，直到如今如今他和灰原哀开始了恋情，才选择退出这段不会有结果的感情内。身为少年侦探团的一员，亦是唯一一个一直都与柯南和哀同班的人，成绩名列前芧，而且更是关东地区内很有名足球部偶像，经常都收到由其他学校寄来的礼物和心意咭，但是她都没有刻意理会。后来因与真波的约定前往真波工作的居酒屋中打工，希望自立自强不在像个小孩子一样被人保护。