在科学史上，无论是天文学、数学、物理学、化学、生物学，还是信息论、控制论、系统论等科学体系的建立，都离不开科学分析。
科学分析的任务另从事物或现象的总体中，分出构成该事物的现象部分、要素属性，使事物的各种属性和本质，清晰地呈现在人们面前。客观对象是多种质的复杂统一体，或者说是多种规定的复杂统一体，人们为了从总体上把握复杂事物的本质，必须首先把统一体的名个部分、各种要素暂时地割裂开来，把被考察的因素从统一体中空时抽取出来，加以孤立，以便使之单独地发生作用，对它们进行精心的考察和研究，揭示它们的本质。
我们为了了解生物的遗传现象，往往把动植物有机体分解为最小的单位——细胞，考查细胞在遗传过程中的变化和作用把组成细胞的细胞膜、细胞质、细胞核各部分割裂开来，分别地考察它们对遗传现象的影响和作用。通过分析，我们了解到影响遗传过程的主要部分在细胞核方面，因而又把细胞核分解为D N A(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)，深入考查它们的功能，结果发现DNA是遗传信息的承担者，是生物遗传的物质基础。那么，D NA为什么具有这种功能呢?科学家们通过进一步分析研究，得知它是由四种不同的核甘酸，通过不同空间排列形成各种特殊结构所造成的。这样，经过一个部分、一个部分的分析，一个因素的研究，终于揭开了遗传现象的原因和过程。由此可见，科学分析的基本特点，在于从事物多样性的现象中，从事物许多同性中，深入事物的内部，弄清它们的内部结构，了解它们的基本特征，掌握它们的内部联系。只有这样的分析，才真正揭露了事物的本质，才算达到了科学分析的目的。在这里，把整体分解为部分，只是分析方法的一个环节，而不是它的全部。分解只不过是认识的一种手段，分析的目的在于透过事物的现象把握事物的本质。
在科学分析中，仅仅把一些部分罗列起来，甲乙丙丁，AB CD，一个一个地加以机械的分解，这种分析是不深刻的。辩证的分析，必须把事物的各个方面放到矛盾诸方面的相互联系、相互作用、相互转化中去，放到事物的运动、变化和发展中去。因此，矛盾分析的方法，是科学分析的最基本、最重要的方法。
不同的科学研究有不同的对象，不同的对象又有不同的矛盾，因而也有不向的分析方法。
适用于各门学科的基本分析方法大体有定性分析法、定量分析法、因果分析法、结构分析法、比较分析法、分类分析法、数学分析法，等等。它们在科学认识和科学研究中起着巨大的作用。
1.从科学发展的历史来看，科学上的许多重大发现，都是运用分析方法所取得的成果。在自然科学中，无论是观察实验，或是理论研究都得运用分析的方法。例如，人们运用结构分据法，从事物不同质的规定中，提出了数学中的几何结构；物理学中的物质结构；化学中的分子结构，生物学中的细胞结构；工程技术中的建筑结构、机械结构等。
2.人们运用比较法，分析事物的相同点和相异点，不仅可以从空间上区分和确定不同的事物，而且可以从时间上追溯和确定事物发展的历史过程，弄清事物发展的来龙去脉。恒星自行的发现，海王星、冥王星的发现，光谱分析的发现以及地质渐变论、生物进化论的创立，都是运用比较分析法的结果。