纳税人诉讼产生的理论依据在于：纳税人作为财政资金的实际缴纳人，从财产所有权的角度，纳税人才是财政资金的真正所有人。国家财政、税务等行政机关之所以能够使用这些由纳税人缴纳的财政资金，不是因为纳税人基于市场交易行为对财产所有权进行让渡，而是基于社会秩序、公共产品、公共环境需求的考虑将其自有资金交给国家行政机关进行管理，类似于信托的一种行为。纳税人对自己交托管理的财政资金，从西方的税收法律思想来看，完全是权利的暂时转移，纳税人依然拥有对财政资金的实体权利。但我国自古就根深蒂固的财政税收思想是纳税人诉讼制度不可能存在的根源。正因为国家认为只有国家机关才有权享有并支配财政资金，对纳税人的权利从来就不曾设想过，纳税人除了纳税的义务，还是纳税义务。尽管现在我们已经开始反思，但是纳税人权利的赋予却依然是一个缓慢的过程。
第一，纳税人诉讼是一种司法活动。纳税人诉讼的根本目的是保护纳税人的合法权益不受税务机关违法行政行为和其他行政机关违法使用公共资金的行为的侵害。纳税人诉讼是人民法院运用国家审判权依照司法程序来解决税款的征收，减免以及使用等案件的司法活动，人民法院在整个诉讼活动中居于核心和主导地位。
第二，纳税人诉讼是一种行政诉讼。纳税人诉讼是根据《行政诉讼法》和税法中有关税务行政诉讼的规定进行的一种纳税人、纳税义务人、扣缴义务人、负税人和举报人以纳税人的身份就税款的征收、减免以及使用向法院提起行政诉讼的司法活动，其主要任务是解决行政纠纷，维护纳税人合法权益，确定税务机关和其他行政机关就税款的征收，减免以及使用等行政行为是否合法。因此，纳税人诉讼属于行政诉讼的一种，因而具备行政诉讼的一般特性。
第三，纳税人诉讼的双方当事人具有恒定性。在纳税人诉讼中，原告和被告的位置是固定的，不能相互交换和倒置。纳税人诉讼的原告必须是税收行政管理相对人（即纳税人），以及发现其他行政机关有违法使用公共资金的行为而提起行政诉讼的纳税人。纳税人诉讼的被告一般是作出一定税务具体行政行为的税务机关和违法使用公共资金的其他行政机关。
我国的诉讼法律制度采用传统的当事人适格主义。无论民事诉讼、行政诉讼以及刑事自诉案件，均要求诉讼当事人与案件有直接的利害关系，尤其行政诉讼要求具体的行政行为侵犯了原告合法权益，否则就不予受理。不仅这一起王日忠状告杭州地税案，还有一些关于国有资产流失、环境受到污染等事件，都因为没有合适的原告，而使得国家或广大群众的利益受到很大损害。纳税人作为税收法律关系的一个弱势群体，本就因为税收征收失去了对部分财产的直接支配权，再加上因为政府机关的不合理用税造成了税款的大量浪费与流失，使得纳税人负担加重。
纳税人诉讼的主体既可以是受侵害的本人，也可是无直接利害关系的其他纳税人，只要该原告能够举出足够的证据，政府机关有不合理、合法用税的行为，就应该符合了起诉的条件。