永乐元年，改北平道为北京道；十八年，罢北京道，增设贵州、云南、交阯三道。洪熙元年，称行在都察院，同六部，又定巡按以八月出巡。宣德十年，罢交阯道，始定为十三道。正统中，去“行在”字。嘉靖中，以清屯，增副都御史三人，寻罢。隆庆中，以提督京营，增右都御史三人，寻亦罢。
永乐八年（公元1410年）以后，规定御史必从进士及监生中有学识并通达治体者选任，吏员出身不得为科道官。《明会要·职官五》引《三编》载：永乐七年（公元1409年），召御史张循理等二十八人至，问其出身，皆由进士及监生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人虽不专一途，然御史为朝廷耳目之寄，宜用有学识通达治体者。”黜秉等为序班。诏：“自今勿复用吏。”，申谕吏部，著为令。
永乐以后，对御史和给事中的人选要求越来越严格。一般来说，年龄要在30～50岁之间，过于年轻者缺乏办事经验，年龄过大则没有朝气。宣德时定，新科进士不得直接授科道官；成化时定进士必须历任三年以上、弘治时定举人出身的教官必须[6] 历任六年以上且才行出众才能出任科道官。
基于前代经验，鉴于现实需要，明代建立了一套被称为“科道”的监察系统。所谓“科道”，指的是吏、户、礼、兵、刑、工六科给事中和都察院的十三道监察御史。六科给事中在明代被称为科官，十三道监察御史则被称为道官，虽然二者系统不同，但地位职责却相近，故合称为“科道官”，也称为“台垣”，御史为台，六科为垣。构成明代纠举弹劾、防止官员敷衍公事、违法乱纪的交叉防线，又由于职在“建言”乃至“风闻言事”，固又统称为“言官”。
清初仿明制，于崇德元年（公元1636年）五月设立都察院。皇太极下谕：“凡有政事背谬，及贝勒大臣有骄肆侵上，贪酷不法，无礼妄行者，许都察院直言无隐。即所奏涉虚，亦不坐罪；倘知情蒙蔽，以误国论。”
顺治初年又规定：“凡朝廷政事得失，民生利弊，以时条上，百官有奸贪污绩，亦得据实纠弹。”可见，清代的都察院其职能与历朝的御史衙门差不多。都察院初设承政1人，左右参政各2人。
顺治元年（公元1644年）改承政为左都御史，参政为左副都御史。三年规定左副都御史满、汉各2人。五年则定左都御史满、汉各1人。右都御史，为总督兼衔。右副都御史为巡抚、河道总督、漕运总督兼衔，都不设专员。左都御史是都察院的主管官员，《清史稿·职官志二》说：“左都御史掌察核官常，参维纲纪。