1997年6月30日：规划环境地政科
1997年7月1日﹣2000年12月31日：规划环境地政局
2000年1月1日﹣2002年6月30日：环境食物局
2002年7月1日﹣2007年6月30日：卫生福利及食物局
2007年7月1日-2022年6月30日：食物及卫生局
2022年7月日- 环境及生态局[3]
渔农自然护理署现任署长是黄志光太平绅士，署理副署长为梁肇辉博士及署理主任秘书林伟文先生，辖下分署包括：
农业分署：助理署长（农业） - 廖季坚先生
渔业分署：署理助理署长（渔业） - 苏炳民博士
郊野公园及海岸公园分署：助理署长（郊野及海岸公园） - 沈振雄先生
自然护理分署：助理署长（自然护理） - 黎接传先生
检验及检疫分署：助理署长（检验及检疫） - 薛汉宗兽医。
另有多个独立的法定委员会分别就其负责的各种事务，履行其法定职能。委员会名单如下：
渔农业咨询委员会
农产品奖学基金顾问委员会
动物[1] 福利咨询小组
郊野公园及海岸公园委员会
保护稀有动植物咨询委员会
鱼类统营顾问委员会
渔业发展贷款基金顾问委员会
嘉道理农业辅助贷款基金委员会
海鱼奖学基金顾问委员会
统营顾问委员会
香港兽医管理局
犬[2] 只及猫[1] 只分类委员会
狂犬病条例（第421章）设立的上诉委员团
渔农事宜及新鲜副食品批发市场
随着1990年代世界各国对健康食品和环境保护的关注，自2000年12月渔护署开始“有机耕作转型计划”，直到2007年12月5个主要菜区（吴家村、大江埔、坪輋、大埔和逢吉乡）共106个农场遵循渔护署所编订的“有机作物生产守则”进行蔬菜生产，蔬菜销售由蔬菜统营处负责。渔护署及菜统处于1994年合作推行“信誉农场计划”，推广优良园艺操作及环保作物生产方法，保障市民健康。渔护署负责发放“紧急救援基金”的“渔农业补助金”，用以减轻受天灾所害及符合资格农民的经济困难。