全球的胶原蛋白以鱼类提取为主。
1. 鱼鳞中提取的胶原蛋白
鱼鳞提取的胶原蛋白以罗非鱼居多 因为罗非鱼主要生长在高温淡水水域，并且生命力较为顽强，在人工饲养条件下生长速度比野生深海鱼快很多，这样就大大降低了鱼类提取胶原蛋白的原料成本，也是较为流行的鱼胶原蛋白。
2.深海鱼皮中提取的胶原蛋白
鱼皮提取的胶原蛋白以深海鳕鱼皮居多，鳕鱼主要产于靠近北冰洋的太平洋、北大西洋寒冷水域，鳕鱼食量大，是贪食的洄游鱼类 也是全世界年捕捞量最大的鱼类之一，具有重要的经济价值。 因为深海鳕鱼在安全性方面没有动物疫病和人工养殖药物残留等风险，并且含有其特有的抗冻蛋白，所以是各国女性最为认可的鱼类胶原蛋白。
胶原蛋白肽制备技术包括化学法、酶法、热降解法以及这些方法的组合应用，不同技术制备的胶原蛋白肽的分子量范围差异巨大，化学法和热降解法多用于制备明胶，酶法则多用于制备胶原蛋白肽；胶原蛋白肽的制备方法包括：
第一代制备技术：化学水解法
以动物皮、骨等为原料，胶原在酸或碱性条件下水解成氨基酸和小肽，反应条件剧烈，生产过程中氨基酸受损严重，L-氨基酸易转化成D-氨基酸，形成氯丙醇等有毒物质，且难以按规定的水解程度控制水解过程，该技术在胶原蛋白肽领域已经很少使用。
第二代制备技术：生物酶解法
以动物皮、骨等为原料，胶原蛋白在生物酶的催化下水解成小肽，反应条件温和，生产过程中无有害副产物生成，但水解后的多肽分子量分布范围广，分子量不均。2010年前该方法在胶原蛋白肽制备领域应用较为普遍。
第三代制备技术：生物酶解+膜分离法
以动物皮、骨等为原料，胶原蛋白在蛋白质水解酶的催化下水解成小肽，然后采用膜过滤的方法控制分子量的分布；反应条件温和，生产过程中无有害副产物生成，产物多肽分子量分布窄，分子量可控；该技术在2015年前后陆续获得应用。
第四代制备技术：胶原提取与酶解过程分离的多肽制备技术
以胶原的热稳定性研究为基础，在临界热变性温度附近对胶原进行提取，采用生物酶对提取的胶原进行酶解，然后采用膜过滤的方法控制分子量的分布。通过温度控制实现胶原提取过程不变性，减少美拉德反应的发生，抑制有色物质的形成。反应条件温和，多肽分子量均一、范围可控，并能减少挥发性物质的产生，抑制腥味，是2019年为止最为先进的胶原蛋白肽制备工艺。
酶解液→精滤→一级膜过滤→二级膜过滤→三级膜过滤→喷雾干燥一级膜过滤主要除去活性炭，大分子，悬浮物等杂质，透过液澄清透明，色泽好；二级膜过滤主要用于胶原蛋白肽的分子量分级，根据不同需求，可将绝大多数的胶原蛋白肽集中在某一分子量区间，更易于人体的吸收；三级膜过滤用于产品的脱盐与浓缩，在常温下，使胶原蛋白肽成为低盐母液，并可同时浓缩胶原蛋白肽，对产品无任何影响，并解决了蒸发浓缩时对胶原蛋白肽的影响；经过以上组合工艺之后，胶原蛋白肽的分子量分布在特定区间，母液体积较处理前减少70%，液体澄清透明，喷雾干燥出来的成本颜色洁白，易溶于冷水，为革命性的进步。