公理宗在原则上强调信徒的权利与责任不应受任何权威的束缚，也不承认任何自上而下规定的信条与礼仪，在必须对其宗派表明教义原则时，则明确指出这并非束缚个别教会或个人的教义律例，仅是全体信众所信仰和实施的综合与体现《萨伏依宣言》的“导言”明确指出，不赞成以强力推行信条，不要求该宗所属教会的信仰划一，而应不拘小节，相互容忍。
一座位于美国佛罗里达州科勒尔盖布尔斯市的公理宗教堂
该宗经典性的纲领有二：《萨伏依宣言》为英国公理会信仰的基础与行政法规的原则，它是在长老会的《韦斯敏斯特信纲》的基础上删减增补而成，着重修改了“导言”之后的《信礼宣言》部分，北美公理会于1680年和1708年两次会议对此部分均予采纳和承认；北美公理会最重要的文献是《剑桥纲领》 ，它是该宗第一代美洲移民于1648年制定的纲领，1649年出版。根据此两个主要纲领所反映出的该宗的教义、组织和礼仪如下：[3]
就教义而言，该宗的多数教会持正统的加尔文派观点，比长老宗、卫斯理宗更强调信仰自由、个人与上帝的圣约。[3] 它承认圣经启示的权威性，也尊重个人对圣经的不同理解。每个会堂都有选择所遵奉的信条的自由。也不强调信经的权威性、约束性。信徒一般只要承认耶稣为救主，即可被接纳入教。该宗极为重视个人的理性和信仰自由，注意保护持异议的少数派的权利，实行圣洗和圣餐二种圣礼，圣洗通常为婴儿施洗。该宗认为上帝的话对教会至为关键，所以布道在教会生活中占有重要位置。公理宗主张在宗教信仰方面，男女之间并无差别。故妇女在该宗一向十分活跃，与男子享有完全平等的任圣职的权利。[2]
该宗实行两项礼仪，即洗礼与圣餐。他们坚持圣礼的性质为教会的礼仪和印记，认为洗礼是产生与施恩的仪式，赞同加尔文的圣餐“参与论”。它的礼拜程序为唱诗祈祷；读经祷告；讲道祝福；月领圣餐一次；坐着参加礼拜。[3]
在教会组织方面，他们强调：(1)教会是信徒的自愿结合，每个教会在司法与行政上完全独立，实行民主与自治的制度，彼此之间为相互协商的关系，在经济上互相支援；(2)平信徒皆为祭司，施行礼仪的职责虽授予牧师，但一般信徒并无明文规定不许发圣餐；(3)每一教会可决定其使用任何《信经》，安排其崇拜仪式和程序，并民主选举本会领导人。最初该宗设立长老、牧师、教师、执事4种职务，近年来仅保留牧师与执事两种；(4)接受新信徒须经教会投票通过，申请人必须承认其基本信仰，宣誓效忠该教会和接受其圣约。[3]