全市国税系统设有共有干部职工近2千名，管理纳税户9万多个。近年来，全市国税系统被评为江苏省、南通市文明行业，有6个单位被推荐为省文明单位，3名同志被评为江苏省劳动模范，6个单位被授予南通市先进集体，6名同志被评为南通市劳动模范。
南通市国家税务局主管本地区国家税收，主要职责是：
(一)贯彻执行国家的税收法律、法规、规章和省有关规定，结合本地区实际，研究制定具体的实施办法。
(二)负责本地区各项国家税收收入计划的编制、分配和考核工作。
(三)组织实施《中华人民共和国税收征管法》和国家税务总局、省局各项税收征管规章制度，积极推进税收征收管理体制改革，强化国家税收执法职能。
(四)负责本地区国税系统征收的各项税种的征收管理和稽查工作；负责地方政府委托征收的各项地方税、基金和专项收入的征收管理工作；负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作；协助做好注册税务师的管理工作。
(五)负责本地区进出口税收和涉外税收的管理工作。
(六)监督检查纳税人遵守国家税收法律法规、依法纳税情况，严肃查处偷骗税。
(七)负责本地区国税系统行政处罚听证、行政复议和诉讼工作，加强税收法制建设。
(八)监督检查本地区各级国税机关及其工作人员执行国家税收法律法规、依法行政情况。
(九)管理本地区国税系统的人事、劳动工资、机构编制；管理县(市)级国家税务局的正副局长及相应级别的干部，负责全市各级国税机关的领导班子建设、公务员制度实施。
(十)负责本地区国税队伍的教育培训、思想政治工作、精神文明建设和基层建设。
(十一)负责本地区国税系统党风廉政建设、纪检、监察和党群工作。
(十二)负责本地区国税系统税收会计、统计工作，负责经费财务、基本建设、资产管理和政府采购工作，负责审计工作。
(十三)负责本地区国税系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。
(十四)研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传，开展税收咨询。围绕本地区经济工作，发挥税收调控和监督职能，为发展市场经济和社会事业服务。
(十五)承办上级国家税务局和市委、市政府交办的其他事项。[2]
部门设置
共设有13个内设机构、3个直属机构、3个事业单位 、2个派出机构，以及1个所属机构。具体为：
南通市国家税务局内设机构为正科级，具体设置如下：