无性生殖发达，产生不同类型的分生孢子进行繁殖。水生或陆生。腐生在多种多样的基物上或寄生在很多种的动植物上，也有许多子囊菌可与藻类共生形成地衣。较早的分类很少考虑地衣子囊菌的特征，而是依据非地衣子囊菌的子囊果性质、子囊特征和排列方式，本亚门下分半子囊菌纲、不整囊菌纲、核菌纲、腔菌纲、虫囊菌纲、盘菌纲6纲。在子囊菌亚门真菌中，有许多种类是重要的植物病原菌，有的种类可以引起人和畜的深部疾病。同时，也有许多种类是食品、发酵、医药等工业用菌。
生活习性
子囊菌亚门（Ascomycotion）真菌一般称作子囊菌，是一类高等真菌。它们的共同的特征是有性生殖形成子囊孢子，但形态、生活史和生活习性的差别很大。子囊菌大都是陆生的，营养方式有腐生、寄生和共生，有许多是植物病原菌。腐生的子囊菌可以引起木材、食品、皮革的霉烂以及动植物残体的分解；有的可用于抗生素、有机酸、激素、维生素的生产和酿酒工业中；有的是食用菌（如羊肚菌、块菌）。少数子囊菌和藻类共生形成地衣，称为地衣型子囊菌。寄生的子囊菌除引起植物病害外，少数可寄生人、禽畜和昆虫体上。为害植物多引起根腐、茎腐、果（穗）腐、枝枯和叶斑等症状。
子囊菌的营养体是发达、有隔膜的菌丝体，少数（如酵母菌）为单细胞。子囊菌的营养体为单倍体。许多子囊菌的菌丝体可以形成菌组织，如子座和菌核等结构。
无性繁殖产生分生孢子。许多子囊菌的无性繁殖能力很强，在自然界经常看到的是它们的无性阶段。由于分生孢子的形成在许多子囊菌的生活史中占很重要的位置，所以它的无性阶段也称作分生孢子阶段。有些高等子囊菌不产生分生孢子。
有性生殖产生子囊孢子。子囊孢子的形状变化很大，有近球形、椭圆形，蜡肠形或线形等。子囊孢子单细胞、双细胞或多细胞，颜色从无色至黑色，细胞壁表面光滑或具有条纹、瘤状突起等。
子囊（ascus）是子囊菌有性生殖产生的，其内产生子囊孢子（ascospore），呈囊状结构。子囊大多呈圆筒形或棍棒形，少数为卵形或近球形，有的子囊有柄。一个典型的子囊内含有8个子囊孢子。有的子囊只有一层壁（单囊壁），而有的有两层壁（双囊壁）。在子囊成熟后了囊壁大多仍然完好，少数子囊菌的子囊壁消解。有些子囊的顶部是封闭的，没有孔口，子囊孢子释放时，子囊壁消解或破裂；有的顶部有孔口或狭缝或囊盖，子囊孢子通过子囊顶部的孔口或狭缝释放。有些子囊菌的子囊整齐地排列成一层，称为子实层，有的高低不齐，不形成子实层。
子囊大多产生在由菌丝形成的包被内，形成具有一定形状的子实体，称作子囊果（ascocarp）。有的子囊菌子囊外面没有包被，是裸生的，不形成子囊果。子囊果有4种类型：子囊果包被是完全封闭的，没有固定的孔口称作闭囊壳（cleistothecium）；子囊果的包被有固定的孔口，称作子囊壳（perithecium）；子囊果呈盘状的称作子囊盘（apothecium）；子囊产生在子座组织内，子囊周围不另外形成真正的子囊果壁，这种内生子囊的子座称作子囊座（ascostroma）。寄生植物的子囊菌形成子囊果后，往往在病组织表面形成小黑粒或小黑点状的病征。 子囊菌亚门