辽宁省农业科学院经济作物研究所始建于1949年3月1日，前身是日本南满洲铁道株式会社建于1928年的辽阳棉花试作场。1949年3月1日在其旧址重新建立了“辽阳棉作试验场”，隶属于东北行政委员会农业部。1959年6月经辽宁省人民委员会批准改为“辽宁省棉麻科学研究所”，划归中国农业科学院辽宁分院领导。1984年9月，改称“辽宁省经济作物研究所”。1990年12月，辽宁省农业科学院在该所增设了“辽宁省农业科学院农作物品种资源研究所”。2002年8月，经辽宁省农业科学院批准，在该所成立了“辽宁省农业科学院花卉研究中心”。
科技机构设有花卉、棉花育种、食用菌，品种资源四个研究室和一个开发中心。行政机构设综合办公室、科技管理、人事教育、计划财务和后勤管理等六个管理科室。
辽宁省农业科学院经济作物研究所建所以来，始终以棉花研究为主，兼顾麻类和其他经济作物。面向全省，开展应用研究，适当进行基础理论研究。
该所主要是承担国家和省部委下达的科研任务。1982年以前，主要承担棉花和麻类育种、栽培、植保研究任务。1983年根据生产需要，停止麻类研究增加了芦笋、甜菊、甜菜等经济作物的新品种选育及高产栽培技术研究任务。1990年增加农作物品种资源研究任务，主要是“三小”（小杂粮、小油料、小杂豆）作物种质资源的搜集、研究、保存、利用。2003年辽宁省农科院根据该所的实际情况，重新进行了学科调整，确定花卉、棉花、食用菌研究和生产开发为今后主要任务。
辽宁省农业科学院经济作物研究所有员工91人，其中专业技术人员占67%（高职称研究人员18人，博士2人、硕士23人），管理人员占12%，工勤人员占22%，现有45岁以下职工59人，占全所职工总数的65%。所长、党委书记：崔再兴。[1]
1949年3月1日建所时，日伪棉花试验场留下只有不过150m2低矮潮湿的工友宿舍，和不到10公顷的试验地。科研设备、仪器、科技档案、资料荡然无存。建所以后五十年间，经作所已建设成为一个具有一定规模、科研技术力量比较雄厚的农业科研单位。
目前该所占地面积为75公顷，其中试验用地51.6公顷。全所现有房屋建筑面积29172.45m2，职工住宅面积19036.54m2，生产车间及库房面积4778.12m2。1992年建筑一座面积为653.6m2的农作物种质低温中期贮藏库，可存放种质资源5万份，还有470m2的常温贮藏窖一座。1996年建筑水泥地面晾晒场3240m2，2004年建20栋日光温室，共14，450m2.