孔稚珪，自幼好学，有美誉，为太守王僧虔所器重，聘为主簿。后来州郡举为秀才，刘宋安成王任命为车骑法曹行参军，迁尚书殿中郎。萧道成为骠骑将军，慕其文名，引为记室参军，与江淹共掌文笔。后迁为正员郎，中书郎，尚书左丞，因为父亲去世丁忧去官，和兄长孔仲智回到父亲旧家中守丧，孔仲智妾李氏娇妒无理，孔稚圭禀告太守王敬则后杀掉了她。守丧期满，任命为司徒从事中郎，州治中、别驾从事史，本郡中正。齐代宋，武帝永明七年，为廷尉。明帝建武初年，为冠军将军、平西长史、南郡太守。鉴于北魏连年南侵，征役不息，于是上表提出通和之策，明帝不纳。东昏侯永元元年，为都官尚书，迁太子詹事，加散骑常侍。卒，赠金紫光禄大夫。
孔稚珪文享盛名，曾和江淹同在萧道成幕中“对掌辞笔”。豫章王萧嶷死后，他的儿子请沈约和孔稚珪写作碑文，可见他在上层社会中的地位。史称他”不乐世务，居宅盛营山水”，“门庭之内，草莱不剪”。但他对皇帝所不喜欢的人也从不稍假宽容，其弹章劾表，著称一时。
孔稚珪最著名的作品是骈文《北山移文》。文章借北山山灵的口吻，嘲讽了当时的名士周颙故作高蹈而又醉心利禄。类似周颙的情况，自两晋以来比较普遍，因此此文笔锋所指，并不限于周颙个人。文章写得尖刻泼辣，通过对山川草木拟人化的描写，嘻笑调侃，因而历来为人传诵。
他的诗作平庸，钟嵘将其诗列入下品。《乐府诗集》所收《白马篇》中“白马金具装”一首还值得一读。但《文苑英华》收录此篇，署为隋炀帝作。从诗篇声律的和谐和写作技巧的成熟来看，恐以作隋炀帝为是。据《隋书·经籍志》，孔稚圭有集10卷，现仅存文10多篇，诗三、四首，明代张溥《汉魏六朝百三家集》中辑有《孔詹事集》1卷。
《南齐书·卷四十八 列传第二十九孔稚珪传》