台湾今日的屏东县与高雄市，在明郑时期属于万年州，清朝时期则改称为凤山县。今日屏东县地，是隔了一条宽广的高屏溪（清朝时称为“下淡水溪”），交通相对不方便。所以早在公元1664年虽然有郑经大力推行屯田之制，或到清朝康熙统治台湾的初期之间，“下淡水溪”以东（当时分为“港东”“港西”两里）一带，大概都是以广东省嘉应州（即今之梅州市）客家族群来此地移民居多，且以扬、张、郑、古等四姓人家为前来拓垦的主要家族。而另外源自福建省的漳、泉一带的闽南族群，一开始似乎较少来此开垦。 共11张 屏东县
大概约到康熙二十三年（1684年）左右，才开始有源自福建省漳州、泉州的闽南人族群在附近建立村落并进行开垦。第一批来屏东拓荒的闽南族群，也是福建省漳州府海澄县民，有来屏东市一带开垦，继来自广东省移民后，漳州闽南人来屏东开垦之最早纪录。
所以随着到今日屏东县境内的汉人逐渐增加，清代的凤山县，也在今日屏东县境（当时俗称为下淡水溪以东），设置“下淡水巡检分署”于此，等于是凤山县的派出单位，但这不是真正的行政区。
到了康熙六十年（1721年），同样也是漳州人的蓝鼎元，随堂兄南澳总兵蓝廷珍来台平定朱一贵事变，事后，蓝家等百余宗族、兵员未返，落脚阿里港（现为里港乡）垦荒开发。由此来看，台湾开发初期，本县境内的闽南族群，大多是以漳州人移民居多，而泉州人似乎较少移民来屏东。约到雍正十二年（1734年）后，屏东平原大部分开垦完成。
今日屏东县内最大城市屏东市，旧名阿猴，日据初期改阿缑，原本为平埔族聚落，因“阿猴”地理位置位于今高雄市半屏山之东，所以后来在日据时期，“阿缑”这个地名，被日本人改名为屏东。
在清朝乾隆二十九年（1764年），屏东市由村落发展为初具规模的市街。再到了道光十六年（1836年），官民合力建筑阿猴城堡垒，共有东、西、南、北等四个城门，至此，屏东市街建筑全部完成。
而在屏东县南边的恒春半岛地区，则是在光绪元年（1875年）才从凤山县划出恒春县，建恒春县城。
屏东县在明郑时期属于万年州，清朝时期则称为凤山县。