1513年，航海家巴波亚从大西洋登上美洲中部大陆，当他在一座山上察看地势时，忽然在望远镜里看见了太平洋，马上意识到这块地方在地理上具有重要意义，便星夜兼程，来到太平洋畔，选择一个渔村作为立足之地，陆续修建了一些房屋，并且沿用当地印第安人的称呼，把这个地方叫做“巴拿马”，印第安语意思为“渔村”，这便是巴拿马城的前身；[16] 巴拿马共和国名称源于巴拿马城名。“巴拿马”在印第安语中为“渔乡”、“鱼群”的意思，因当时这里产鱼甚多。[15] 共5张 巴拿马城
主词条：巴拿马历史
欧洲殖民者到来之前，巴拿马境内居住着60多个印第安部落，总人数约50万。生活在西部地区的印第安人是来自墨西哥和中美洲其他地区的玛雅人和纳瓦人的后裔瓜伊米耶人。
1492年，哥伦布发现新大陆之后，西班牙王室陆续派遣多支探险队前往新大陆。第一个到达巴拿马的西班牙人是塞维利亚人罗德里格斯·德·巴斯蒂达斯（1465年—1527年）。巴斯蒂达斯曾在1493年参加过哥伦布第二次美洲之行，积累了从旧大陆到新大陆航行的经验。1500年6月4日，巴斯蒂达斯与西班牙王室签署航海协议。1501年9月底，巴斯蒂达斯与制图师胡安·德拉·科萨一起，率领名为“圣安东”和“圣塔·玛利亚·德·格拉西亚”的两艘船，从西班牙加的斯港口出发，横跨大西洋，向新大陆进发。随同航行的20多名船员中，有后来发现太平洋的殖民探险者瓦斯科·努涅斯·德·巴尔博亚。1501年，巴斯蒂达斯发现巴拿马标志着巴拿马前哥伦布时代的结束，一个新的历史时期——征服和殖民时期即将开启大幕。[52]