1966年，中国爆发了“文化大革命”运动。这场运动首先从北京的高校点燃，并且一开始就直接导致了本年高校招生工作停止，全部高校停课。高等学校的青年学生们成为运动前期的先锋队，十几万人在校内造反并走出校门冲击社会各个方面。此后两年多的时间里，北京高校的工作陷于瘫痪，学校内部派别林立，呈现无政府状态。 京校外迁
1968年7月后，为制止学校内的武斗，北京市革命委员会开始向各高校派驻工人、解放军毛泽东思想宣传队，领导组建“三结合”的学校领导班子，努力使原来的无序状态走向有序。逐步组织开展了一些所谓斗批改、清理阶级队伍、吐故纳新等运动，也搞了一些所谓“复课闹革命”。
1969年2月，中国和苏联在中国的东北边界上发生冲突，国际形势骤然紧张，4月，中国共产党第九次全国代表大会召开。中央提出了要准备打仗的号召。8月之后大批的中央机关人员被精简疏散，离开北京到各地的“五七”干校。10月17日，各单位又传达林彪发布的“关于加强战备，防止敌人突然袭击的紧急指示”，更加剧了紧张的气氛，导致了更大规模的在京机关团体单位的搬迁撤离。
在这一形势之下，北京的高等学校如何继续办，成为需要认真对待的问题。此时，高等学校已连续四年没有招生，除了一部分学生被分配工作之外已有四届毕业生没有离校，学校内部因搞运动，人心惶惶，各有派性，原有的教学、科研和生活秩序全都遭到破坏。根据这种情况，中央有关部门和北京市，对北京的高等学校做出了大批迁出北京，大批停办，只保留一小部分的决策，使北京市高校经历了一次大规模的调整变动。[2]
1969年10月26日，中共中央发出《关于高等院校下放问题的通知》。《通知》说：为了“认真搞好斗、批、改，加强对中央各部门所属高等院校的无产阶级文化大革命和教育革命的领导”，决定国务院各部门所属的高等院校，凡设在外地或迁往外地的，交由当地省、市、自治区领导；与厂矿结合办校的，交由厂矿领导。教育部所属的高等院校，全部交给所在省、市、自治区领导。此后，中央所属的高等院校，包括北京大学、清华大学在内，全部下放地方管理。部分高等院校被撤销或合并。到1971年，全国原有的434所高等院校，保留继续办的还有328所。