公元前3世纪已有文字记载，在《史记》和《汉书》里被称为“鬲昆”、“坚昆”。
从中国西汉汉武帝时，吉尔吉斯大部分首次纳入中国版图。汉武帝又命李广利于前104年（太初元年）、三年两伐大宛（在今中亚费尔干纳盆地），使西域的许多城国相继臣服于汉。
前102年（太初三年）战胜大宛后，西汉朝廷在轮台（今新疆轮台东）、渠犁（今新疆库尔勒西南）置使者、校尉，这是西汉政府在西域设置行政机构之始。后又设置伊循都尉、护鄯善以西使者。
公元前59年（神爵三年），因匈奴内争，其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉，汉使护鄯善以西使者郑吉迎之，匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护（车师以西）北道，故号曰都护”。西域都护是西汉政府在西域设置的最高军政机构，治乌垒城（今新疆轮台东北），“镇抚诸国，诛伐怀集之”，并“督察乌孙（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈萨克斯坦境内巴尔喀什湖与咸海之间）诸外国动静，有变以闻，可安辑安辑之，可击击之”。起初负责“护西域三十六国”，后来扩大统治范围，“最凡国五十”，西至巴尔喀什湖以东、以南的乌孙，今铂尔河上游的大宛，今帕米尔地区的无雷，今阿赖谷地的休循等国，都受其管辖。“汉之号令班西域矣”，西域正式纳入了西汉王朝的版图，直到西晋时期突厥人占领该地区。
唐朝吉尔吉斯斯坦再次纳入中国版图，640年（唐朝贞观十四年）置治所西（今新疆吐鲁番东高昌故城），统安西四镇，龟兹、疏勒、于阗、碎叶（今吉尔吉斯斯坦的托克马克），辖境相当今新疆及哈萨克东部、吉尔吉斯北部楚河流域。
656年（显庆元年）至664年（麟德元年）期间，是武则天为皇后辅佐高宗到垂帘听政阶段。657年，唐高宗发大军分南北两道进攻西突厥，一举灭掉了西突厥，西突厥领土全部为唐所有。661-663年（显庆、龙朔年间），唐军辖区扩大至阿尔泰山西至咸海及葱岭的东西各部直至阿姆河两岸城的诸城邦国包括今吉尔吉斯斯坦大部分。