德州河务处的前身是成立于1961年的山东省德州专署卫运河工程管理局。
1972年2月4日，山东省接管漳卫南局德州专区修防管理处。由山东省根治海河指挥部代管，改名为山东省德州专区漳卫河管理处，下设夏津、武城一、二、平原、德州、陵县、宁津、乐陵、庆云9个管理段。
1980年10月漳卫南局恢复后，重新接管德州地区漳卫河管理处，改名为水利部漳卫南局德州地区漳卫河管理处，管辖范围及机构不变。
1981年4 月20日，更名为德州管理处。
1982年7月28日，更名为德州地区管理处。
1990年7月成立德州地区水政监察处，与管理处合署办公。
1993年3月5日，因行政区划调整，漳卫南局批准德州段和平原段合并，更名为德城区第一管理段，陵县段更名为德城区第二管理段。
1993年9月1日,更名为德州河务处。
1996年11月2日，德州水政监察处更名为漳卫南局德州水政监察支队。[1]