蒂姆·邓肯出生于美属维尔京群岛，自幼接受游泳训练，获得过400米自由泳12至13岁年龄组的全美冠军，目标是加入美国游泳队参加1992年奥运会。然而，1989年，“雨果”飓风席卷维尔京群岛，摧毁了游泳队训练的泳池，邓肯从小惧怕鲨鱼，不敢下海进行训练，此前从未间断的游泳训练被迫中止。[100] [8] [9]
邓肯14岁生日的前一天，他的母亲在因为癌症过世。游泳是母子两人平日里最爱聊的话题，因此他在这之后便再也没有参加过任何游泳比赛。在一年之后，篮球进入了邓肯的视线，他的父亲特地亲手打制了一个篮球架，而姐夫里奇·洛瑞又曾是哥伦比亚大学篮球队的队长，因此在这两人的引导下，邓肯很快便痴迷于这项运动并掌握了基本要领。邓肯原本希望借助篮球来缓解母亲过世后的痛苦，一旦挺过难关，他还是希望能重返泳池，但他终究没有离开篮球。在锻炼了三年篮球技艺后，邓肯成为了岛上最优秀的球员，哈佛、特拉华州大以及普罗维登斯大学都派人前往这座南部小岛考察，也都愿意提供奖学金。但邓肯最终被维克森林大学主教练戴夫·奥多姆说服，承诺加盟该校。[100] [8] [9] 童年邓肯
1993年，邓肯进入维克森林大学心理学专业就读，并代表该校参加NCAA联赛。[101] [102] 在首场对阵阿拉斯加大学的比赛中，邓肯一分未得。之后凭借高强度的训练，邓肯的表现迅速窜升。[8]
1993-94赛季，邓肯代表维克森林大学出场33场比赛，场均30.2分钟，得到9.8分、9.6篮板和3.8盖帽；入选该赛季NCAA大西洋海岸联盟（ACC）最佳新秀阵容。[102]
大学二年级时，在一场对阵拉希德·华莱士的比赛中，邓肯独得25分，拉希德·华莱士只得到4分。当时，杰里·韦斯特认定邓肯若是选择提前离开大学参加选秀，那么他会成为1995年的新秀状元，只是邓肯最终选择继续留在大学直至毕业。[8]
1994-95赛季，邓肯代表维克森林大学出场32场比赛，场均36.5分钟，得到16.8分、12.5篮板和4.2盖帽；入选该赛季NCAA大西洋海岸联盟最佳阵容第一阵容。[102]
在大三和大四时期，邓肯得到了大量的锻炼机会，造就了难以抵挡的进攻实力，比赛中他往往能迫使对手采用三人包夹战术，在防守端，邓肯同样表现出众。[8]
1995-96赛季，邓肯代表维克森林大学出场32场比赛，场均37.2分钟，得到19.1分、12.3篮板和3.8盖帽；当选该赛季NCAA大西洋海岸联盟年度最佳球员；入选该赛季NCAA大西洋海岸联盟最佳阵容第一阵容。[102]