公元前3000年左右，古印度河文明产生在巴基斯坦境内。
直至公元前2000年，生活在中亚的雅利安人来到巴基斯坦印度河流域，征服了当地的达罗毗荼人，印度河文明逐渐衰亡。此后的“吠陀时代”，雅利安人的政治中心开始向东转移到印度。
公元前600年起，兴起于亚洲西部伊朗高原上的波斯帝国统治巴基斯坦西南部的印度河流域地区，公元前327年，亚历山大曾率军攻占过此地。
公元8世纪初，兴起于亚洲西南部阿拉伯半岛上的阿拉伯帝国军队征服巴基斯坦和印度次大陆以西的地区，建立伊斯兰政权，并将伊斯兰教传入，使大批当地居民成为穆斯林。
11世纪初，巴基斯坦西北部处于阿富汗加兹尼王朝统治之下。
12世纪初，古尔王朝取代加兹尼王朝。
1206年，库特布·艾伯克建立奴隶王朝。
1220年代，蒙古大军入侵印度河流域，后成为蒙古大汗国的伊利汗国地。1239年蒙古进军吐蕃，1246年吐蕃全部纳入蒙古汗国版图，1271年蒙古汗国改名元朝，克什米尔地区大部纳入中国元朝的版图。
15世纪后300年间历经了6个王朝（德里苏丹王朝），14世纪后期，突厥人帖木儿攻入巴基斯坦印度河流域，帖木儿攻占德里，后裔巴布尔1526年建立莫卧儿帝国，管辖印度中北部和巴基斯坦东部部分地区。
1757年后，巴基斯坦和印度成为英国殖民地，英国“分而治之”的政策使穆斯林与印度教徒之间冲突加剧。