明代有一位内阁首辅朱国祯，是浙江乌程县（今属浙江湖州）人。他爱好著述，写了一部明史，起名叫《史概》。他死后，家道中落，后人将未出版的书稿列传部分卖给了同乡富户庄廷鑨。[1]
传说庄廷鑨是个盲人，失明以后，因为想到司马迁“左丘失明，厥有国语”的说法，立志要写一本自己的历史，所以买到原稿之后，召集了许多文人来修改编辑，作成了一部《明书》。因为朱国祯去世较早，原书没有写天启、崇祯两朝（一说是没有写崇祯朝[2] ），庄廷鑨又补上了缺失的部分，包括南明小朝廷的内容[1][3] 。
这部书是建立在朱国祯的视角上，加上当时南方人心思明，所以书中提到清朝的部分有许多“碍语”。如提到清太祖努尔哈赤，按明朝官职称为“建州都督”；在与清朝作战的将领李如柏、李化龙、熊明遇的传记中，充满对忠臣义士壮志未酬的惋惜；称呼降清的将领孔有德、耿精忠为叛将；用南明的年号隆武、永历，而不用清朝年号[2] 。
书成不久，顺治十二年（1655）庄廷鑨病死。其父庄允诚（按庄家排行为土字辈，应为庄允城，史书记载亦均为庄允城）于顺治十七年冬（1660）将书刻成，即行刊书《明史辑略》（《明书辑略》）。刊刻时，为了显示书的权威性，还找了前礼部官员李令皙写序，并且写了江南名士茅元锡、吴之铭、陆圻、査继佐等十八人的名字，声称他们参与了书的编辑[1] 。
顺治十八年（1661），归安知县吴之荣因为一起贪腐案被罢职后，试图告发庄廷鑨反书作为功劳，好谋求复职[2] （一说，是敲诈庄家不成怀恨在心[3] ）。吴之荣告到将军松魁处（一说，是陆圻、查继佐、范骧三人因为发现自己名字无端出现在这本书上而首告[1] 。至少陆圻确实报告给了湖州府学教授赵君宋[4] ），松魁转发给巡抚朱昌祚，巡抚转发给督学胡尚衡。这些人接受了庄允诚数千金的贿赂，拒不审理。庄允城将其中被告发的句子改掉后，继续刊刻发行。不料吴之荣见毫无动静，买到了初刊本，再度告发[2][3] ，事情越闹越大，最后惊动朝廷中的辅政大臣鳌拜等人。
明史案
当时康熙年幼尚未亲政，鳌拜责令刑部满官罗多等到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人士。吴之荣对南浔富人朱佑明怀恨在心，诬告序言中提到的“朱氏原稿”即朱佑明（实际是朱国祯），将朱佑明和他的五个儿子牵涉进来[3] 。其余列名参校者、初审官员等，和他们的家人都被查抄，江南名士损失惨重[4] 。
康熙二年（1663）五月，明史案终于结案。此案先后牵连千余人，妻子被发配东北沈阳附近的宁古塔者几百人。
凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死。被杀者共七十余人[2] 。其中庄廷鑨之弟庄廷钺、李令皙、茅元铭、蒋麟征、张寯、韦元介、潘柽章、吴炎、吴之镕、吴之铭等十四人凌迟处死；归安，乌程的两名学官处斩。湖州原任知府陈永命于康熙元年（1662）罢官，至山东台儿庄，自缢于旅馆。棺材被运回杭州，开棺磔尸。其弟江甯县知县陈永赖，也同时被斩。归安县学新任训导王兆祯、推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞[2] 。