全书首列总目、凡例、附图。卷一卷二为序例,主要介绍历代诸家本草及中药基本理论等内容。首先列举《神农本草经》、《名医别录》、《雷公炮炙论》、《唐本草》等四十一种本草著作,并加简要评介,基本反映出明代以前本草学发展概况;另又附列引用医书二百七十七种,经史百家书籍四百四十种,共计七百十七种。通过引述前人专论如神农本经名例、陶隐居名医别录合药方剂法则、采药分六气岁物、七方十剂、五味宜忌、五味偏胜、标本阴阳、升降浮沉、脏腑虚实标本用药式、引经报使、相须相使相畏相恶诸药、相反诸药、服药食忌、妊娠禁忌、饮食禁忌、李东垣随证用药凡例、张子和汗吐下之法、陈藏器诸虚用药凡例等,使中药理论获得系统整理。卷三卷四为百病主治,大致沿袭宋以前本草“诸病通用药”旧例,以诸风等一百十三种病证为纲,分列主治药物,或于病证下再分若干证,类列药物用法,复设草部、菜部、果木等为小纲,并详其主治,编次有序,便于临证参考。卷五至卷五十二为药物各论,总目原称载药一千八百九十二种,经实核为一千八百九十七种。各论均以“部”为纲,以“类”为目分类,分为水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部,每部之前均有简要论述。各部之下再分若干类,如草部分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔类、杂草等十一类,凡六十类。每药均标注首载文献出处,若有归类变更或并入某药者,则以校正说明;下设释名、集解、辨题或正误、修治、气味、主治、发明、附方等栏目解说。“释名”下列举别名,并释命名意义;“集解”介绍产地、品种、形态、采收等;“辨疑正误”对历代本草有疑误者予以辨正;“修治”阐述炮制方法;“气味”阐述药物性味及有毒无毒;“主治”包括功效;“发明”侧重阐述药性理论、用药要点及李氏学术见解;“附方”广录以该药为主的主治各科病证的有效方剂。

本书在唐慎微《经史证类备急本草》基础上,进行大量整理、补充,并载述李氏发明与学术见解。其主要成就包括:集中国16世纪前中药学之大成,该书首先介绍历代本草的中药理论和所载药物,又首次载入民间和外用药三百七十四种,如三七、半边莲、醉鱼草、大风子等,并附方一万一千零九十六则。显示当时最先进的药物分类法,除列“一十六部为纲,六十类为目”外,还包括每药之中“标名为纲,列事为目”,即每一药物下列释名、集解等项,如“标龙为纲,而齿、角、骨、脑、胎、涎皆列为目”;又有以一物为纲,而不同部位为目。特别是在分类方面,从无机到有机,从低等到高等,基本符合进化论观点。全面阐述所载药物知识,对各种药物设立若干专项,分别介绍药物名称、历史、形态、鉴别、采集、加工,以及药性、功效、主治、组方应用等;同时引述自《本经》迄元明时期各家学说,内容丰富而有系统。

对中医药理论有所发明,书中强调对中药应该辨证应用,如藜芦条下称“吐药不一,常山吐疟痰,瓜丁吐热痰,乌附尖吐湿痰,莱菔子吐气痰,藜芦则吐风痰者也”。其中亦有前人所未论及之名言和精辟理论,如辛夷条下有“脑为元神之府”之论,橘皮条下称“脾乃元气之母,肺乃摄气之龠”等。书中对过去本草书籍中将两药误为一物者,如葳蕤与女萎;一物而误为两药者,如天南星与虎掌;品种混淆不清者,如百合与卷丹;药用部位失真者,如五倍子误认为果实;药物归类不当者,如将薯蓣列为草类等,均予以澄清更正。书中对妄图长生不老,服食丹石成风现象进行了批判,对黄连、泽泻服之可以成仙,草子可以变鱼等说,亦作了驳斥。

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