感染性胃肠炎根据病原体不同，分为细菌性、病毒性、真菌性、寄生虫性等。
非感染性胃肠炎见于应激、药物、酗酒、食物过敏、自身免疫病等。
感染因素
病原微生物感染：包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等引起的各种感染性肠炎。
病毒感染
最常见的病原体是轮状病毒、诺如病毒、腺病毒、星状病毒。
儿童感染多为病毒感染，以轮状病毒、诺如病毒最为常见。中国小儿腹泻病调查结果显示，每年10月至12月为发病高峰之一，主要病原即为轮状病毒。
对于成人来说，病毒感染导致感染性胃肠炎的比例远高于其他病原体，导致成人急性胃肠炎的病毒主要是诺如病毒。
细菌感染
因进食被细菌污染的食物后可引起，即食物中毒，也可因接触带菌者或饮用生水引起。
小儿患者常见的细菌包括大肠埃希菌属、弯曲菌属、沙门菌属以及志贺菌属等。
成人常见的致病菌为沙门菌、痢疾杆菌、大肠埃希菌、副溶血弧菌、弯曲菌、气单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。
此外，结核杆菌感染可引起结核性肠炎，幽门螺杆菌感染可引起慢性胃炎。
寄生虫感染
常见病原体有贾第虫、阿米巴、隐孢子虫、血吸虫等。
非感染因素
消化液反流
胆汁、胰液和肠液大量反流入胃。
食物和药物
长期食用粗糙或刺激性食物、高盐饮食、食物过敏，酗酒、长期服用非甾体消炎药（如阿司匹林、布洛芬等）等药物等。
自身免疫性胃炎
由自身免疫功能紊乱所致的慢性萎缩性胃炎。
肠道菌群失调
各种因素导致肠道潜在有害细菌产生毒素，破坏肠黏膜，诱发感染、免疫紊乱。
炎症性肠病
慢性非特异性肠道炎症，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。
其他
包括接触大量放射线导致的放射性肠炎、肠壁供血不足导致的缺血性肠炎等。
小儿诱发因素
低龄：年龄越小，越可能发生急性胃肠炎，腹泻的严重程度和持续时间与低龄（<6个月）相关。
喂养方式：婴幼儿早期发生严重腹泻或长时间腹泻可能与过早断奶有关。
潜在的慢性疾病或免疫缺陷：营养不良、免疫缺陷患儿发生重症腹泻的风险较大，甚至迁延不愈，进展为慢性。
环境/社会-经济学因素：托儿所、社会经济等级低的城市更易导致中重度及迁延性腹泻。