1527年5月21日，费利佩在巴利亚多利德出生，他是西班牙统一后的第一位阿斯图里亚斯亲王。由于查理五世有意识地在塞维利亚迎娶葡萄牙的伊莎贝尔公主，并在宣布长子即将出生时将宫廷搬到巴利亚多利德，哈布斯堡王朝因此实现了西班牙化。[4] 费利佩二世是神圣罗马帝国皇帝查理五世（西班牙国王卡洛斯一世）与葡萄牙的伊莎贝尔公主的长子，他还有两个长大成人的妹妹玛丽亚和胡安娜，他的祖父母是奥地利大公“美男子”腓力一世与卡斯蒂利亚女王“疯女”胡安娜，外祖父母是葡萄牙国王曼努埃尔一世与阿拉贡的玛丽亚公主。 年幼的费利佩
在费利佩的童年时期，他一直由自己的母亲伊莎贝尔皇后管教。但父亲却经常不在身边，因为从1529年王子两岁时起，查理五世就因帝国职责（在博洛尼亚的加冕礼、维也纳对土耳其人的保卫战、征服突尼斯、普罗旺斯战役）的召唤离开了西班牙。事实上，直到1536年圣诞节之前，除了偶尔几次，他都没有和父亲住在宫廷里。费利佩身边有两个陪伴者：年长11岁的鲁伊·戈麦斯·德·席尔瓦（未来的埃沃利王子）和小1岁的路易斯·雷克森斯·德·苏尼加。1539年，当王子还未满12岁时，母亲就去世了，这对他来说是一个沉重的打击。[4]
1541年秋天，皇帝在阿尔及尔遭受了一场灾难，回到西班牙后便开始了对费利佩的政治教育。起初，这只是父子之间定期进行的亲密谈话，皇帝因伊莎贝尔皇后的去世而感到孤独，希望儿子能为他提供治理国家所需的帮助，尤其是国际事件很快就会迫使他再次离开西班牙。1543年春天，查理五世从加泰罗尼亚海岸的帕拉莫斯给他的儿子寄来了一套训令，其中一些是公开的，供他与主要顾问们一起阅读和重读，但另一些则是非常谨慎和秘密的，只供他一个人阅读，一旦阅读完毕就会被销毁。这些训令充满了政治智慧和强烈的道德色彩，使王子的行为始终服从于道德原则。[4]