1956年，江苏省文管会组织的文物普查中发现草鞋山遗址。
1972年9月至1973年7月，南京博物院曾对该遗址进行了试掘和二期发掘，共挖掘探方十个，实际发掘面积为1050平方米。
1992年11月~1993年1月，南京博物院、江苏省农业科学院和日本国立宫崎大学农学部合作开展《草鞋山古稻田研究》课题研究。是年12月，吴县市文物管理委员会在草鞋山遗址竖立文物保护碑。
1992年~1995年，中日联合《草鞋山古稻田研究》课题考古发掘每年都开展一期，4次发掘面积计1400平方米，并在黏土地带发现马家浜文化时期水田遗迹结构。[2]
共7张 草鞋山遗址
草鞋山遗址的范围，经测量和钻探查明：草鞋山与比邻的夷陵山属同一遗址，而遗址的边缘一直延伸到两山周围的农田里。整个遗址大约在东西260米、南北170米这样一个范围内，总面积约有44000平方米。[10] 草鞋山遗址的文化堆积厚达11米，考古专家把它分为10个文化地层。说明如下：
耕土层，厚0.2~0.3米。
第一层，灰褐土，厚约0.8米。出土几何形印纹陶片、釉陶片，发现了包括有几何形印纹硬陶器、釉陶器的六组遗物，属于春秋时代的吴越文化。
第二层，黄褐土，厚约1米。发现墓葬的陶器。
第三层，灰土，厚2米左右。出土贯耳壶、竹节柄豆的黑皮陶片、鱼鳍形鼎足，这些是带有良诸文化特征的陶片。
第四层，褐土，厚1.2~1.5米。发现三座墓粼，器物很少，同苏州市越城遗址中层墓葬出土物相近。
第五层，黄白色淤土，厚0.25~0.3米。包含陶片很少。
第六层，红褐土，厚0.25米。发现八十九座幕弹，同上海市青浦崧泽遗址中层的墓葬相同。
第七层，黑褐土，厚0.9米左右。发现六座墓葬。
第八层，黑土，厚0.7米。
第九层，绿灰土，为绿黑土和灰黄土层相间的夹心土，厚1.5米。共厚2.2米。这两层发现了一百零六座墓葬，同浙江嘉兴马家浜遗址上层的墓葬相同。
第十层，厚1-2米。发现居住遗迹十一个灰坑，出土稻谷、菱、动物遗骨、纺织物残片等，陶片大多为夹砂褐陶，也有一些夹砂红陶。与马家浜和吴江梅堰两遗址的下层相近。[11]
草鞋山遗址发现有新石器时代马家浜文化至春秋时期的墓葬共计200余座。该遗址历史最久远的是“第10文化堆积层”，出自这个堆积层的重大考古发现有：木构建筑、炭化稻谷、炭化纺织物、动物遗骨和1100多件陶、石、骨、玉等质料文化器物。该遗址南端、距今约6000年的马家浜文化时期地层，发现有由浅坑、水沟、水口和蓄水井组成的遗存，即灌溉系统遗存和人为加工的水田状遗迹。中日考古人员在7个浅坑内观察到数量丰富的水稻植物蛋白石（硅酸体），证实这里的水稻属人工栽培而非野生，其品种接近于现代的粳稻。[2]