贺圣遂1993年调任出版社，任副社长；2000年出任社长，2008年4月兼任总编辑；2009年出版社改制完成，任复旦大学出版社有限公司董事长兼总编辑。依托学校优秀的作者资源，出版社一直坚持高水准一流教材与原创性学术著作的出版理念，推出了《中国文学史》、《中国思想史》、《中国人口史》等一大批广受好评的一流学术著作，受到社会各界广泛好评，其中部分著作荣获国家级、省部级图书奖励，获奖数量在全国大学出版界名列前茅。在获得社会效益的同时，出版社产业规模和经济效益稳定、持续上升，国有资产保值增值在上海市出版业名列前茅。企业发展的同时，员工的待遇也获得同步提升，出版社呈现出团结和谐、蓬勃向上的精神面貌。
新中国成立60年来，涌现出一大批社会责任感强、积极进取、勇于开拓的新闻出版先进人物，为树立典范、鼓励先进，促进新闻出版事业的进一步大发展，新闻出版总署决定评选并表彰100位做出突出贡献的出版企业家。此次“全国百名优秀出版企业家”的评选涵盖了图书、报刊、电子、网络、数字出版、发行、印刷等企业的高层管理人员，贺圣遂的入选即是对他个人成就的表彰，也是对复旦大学出版社多年来坚持正确出版方向、发挥特色优势、不断发展壮大的成绩的肯定。