福建历史上有前旗后旗之说,前旗山在连江有旗福寺,后旗山在闽侯有万佛寺。
本寺系伽蓝菩萨感应道场,现存有伽蓝菩萨灵签。古人云:祈梦要到福清石竹山,抽签就到连江湖里找旗山。沧海桑田,旗福寺几经兴废。昔日之兴盛,不见原貌。透过现存文物如石槽,石臼,柱座,青瓦等。据寺内遗留下的石槽推断,鼎盛时期寺内曾容有近三百僧人,可见先前本寺香火之兴旺,佛法之兴盛。几经岁月轮回,沧桑变化,一度夷为平地,但佛光普照,崇奉者甚多。几度兴废,
文革期间更是惨遭破坏,寺院荡然无存。时逢盛世,改革开放。国家对宗教政策重新落实认定,为保存古迹,提倡宗教信仰自由,发扬宗教优良传统。在有识乡人倡导下,海内外热心人士慷慨解囊,于二000年动工重建,二00一年闰五月大雄宝殿,宿舍竣工,二00七年天王殿落成。完成了本寺重建第一期工程。
本寺住持法贤法师自二00八年九月入寺主持以来对大雄宝殿及天王殿内部进行装修,新做佛龛,供桌等。并于次年开始第二期重建工作。于二00九年完成山门,菩提广场,成佛大道的工程及客堂,五观堂的装修布置和部分场地绿化美化工作。于二0一0年完成观音殿,观音山,露天弥勒佛,一行阁,公厕及附属工程。
二0一五年为新建钟楼,鼓楼,伽蓝殿,财神殿,福缘楼(内含五观堂,客堂,会议室,接待室,宿舍,客房等),至今藏经阁,法堂,卧佛殿,地藏殿等建设装修已接近尾声!寺院在法师住持管理下,现有各地僧人二十余人,常住居士多位,当地居士近百名。