亚伯拉罕·林肯在1860年的选举胜利开始了共和党的称霸时期，这段时期共和党以工业的东北部和农业的中西部为根据地掌控了数十年的美国政坛，共和党至今仍常引以为傲的自称为“林肯的党”。林肯成功地团结了共和党内的所有派系支持合众国作战，不过，他也反对那些要求苛刻惩罚南方的共和党激进派系。在国会里，共和党通过了一连串展开快速现代化的法案，包括了国有的银行制度、高关税、开征所得税、以及其他各种货物税、发行不需金银局限的纸币（美钞）、庞大的国债、自耕农场法案，以及补助高等教育、铁路建设、和农业发展的土地发放。
当时大多数北方的民主党人都是主战派，并且继续支持林肯，直到1862年秋天林肯将战争目标转变为彻底解放奴隶制度时，许多民主党人才开始采取反战态度。除了肯塔基州外，所有共和党的州党部都支持了废除奴隶制度的目标。共和党也成功指控北方反战的民主党人是同情南方分裂的叛徒，并且赢得了大多数主战的民主党人支持，使他们得以在1862年保持多数派地位，林肯继续在1864年选战中赢得压倒性胜利。
在内战后的美国重建时期里（1865-1877），要如何处理南方投降的各州以及被解放了的奴隶成为了主要的议题。1864年时共和党控制了国会，要求采取更激烈的行动以对抗奴隶制度，并且报复南方的分裂。林肯勉强遏制了他们，但在林肯死后继任的总统安德鲁·约翰逊为了这点而在1866年与激进派共和党人分裂。结果在1866年的国会选举中，激进派共和党人获得了压倒性的胜利，因而彻底控制了整个重建时期，使得约翰逊无法以否决权阻止立法。激进派共和党人对南方施加了许多苛刻的法案，以报复南方的分离。