蒙古族，内蒙古克什克腾旗人，巴玉藻之父巴焕庭为蒙古八旗驻防,巴玉藻出生于江苏镇江。
巴玉藻自幼颖聪，13岁考入南京水师学堂。17岁时，以品学兼优被选派留学英国、攻读机械工程。1909年，被选派赴英留学，学习制造船炮。次年考入阿姆斯特朗学院学机械工程，继入唯喀斯厂实习。1915年转赴美国留学，考入麻省理工学院航空工程系，为第2期学生，1916年毕业，获硕士学位。被美国通用飞机厂聘为第一任总工程师。
公元1915年，由于欧洲爆发战争，巴玉藻从英国转赴美国，考入麻省理工学院航空工程系继续深造。巴玉藻刻苦攻读，仅用6个月的时间便拿到航空工程学硕士学位，美国有两家飞机厂聘他为设计工程师和总工程师。
公元1917年冬，巴玉藻毅然辞去两家飞机厂高级职务与优厚待遇，回国开创自己的飞机制造业。
在巴玉藻的要求下，海军部拨款在福建马尾创办了一个小规模飞机制造厂，他被委任主任职务，负责制造飞机和培养飞机制造人才。经巴玉藻的刻苦努力，公元1918年8月，制造出我国第一架飞机。同年冬，航空局长杨仙逸亲自驾驶这架飞机，作了飞行表演。从建厂到公元1928年夏，这个飞机厂共制造生产出达到当时国际标准的飞机11架。
公元1928年，巴玉藻代表中国到德国参加万国航空展览会。会后又去英、法等国考察，于公元1929年(民国十八年)遭日本间谍暗杀身亡，当时年仅37岁。