在语言学分类中，印尼语属于马来-波利尼西亚语系。印尼语源自于苏门答腊岛东北部的马来语，是该语言的一个地区性变种，同标准马来语有超过80%的同源性。1972年以前印尼文和马来文的拼写大不相同，这是由于1972年以前印尼文拼写系统由荷兰人发明的，而马来文拼写系统则是由英国人开发的。为了能使到印尼语与马来语书面文字达到统一1972年印尼政府推出以马来文拼写系统为标准的精确拼音（Ejaan Yang Disempurnakan）使到印尼语跟马来语拼写非常接近。马来语和印尼语都使用拉丁字母，同西欧语言相比较，印尼语的语法非常简单。
印度尼西亚共和国的官方印尼语称为巴哈萨（Bahasa，在印尼语里就是“语言”的意思）。在印度尼西亚的2.3亿人口中，有超过300种方言。某些年长的印尼人能够说一些荷兰语，在商业、游览和教育方面也通用英语。
基本上，所谓“马来语言”和“印尼语言”的区别，是基于政治上的原因，而不是基于语言学上的考虑。使用这两种语言的人基本上是可以互相沟通的，虽然有不少语汇不一定完全相同。但是，值得注意的是，很多马来方言彼此之间反而无法完全互相沟通。比如说，对很多马来人而言，他们就很难理解吉兰丹语（Kelantanese）的发音。此外，印尼爪哇的马来语（Javanese Malay），则是拥有很多特有的词汇，即使是熟悉马来语的马来人也无法完全理解这些词汇的意思。
马来语和印尼语之间的差别，可以类比为英式英语（British English）和美式英语（American English）之间的差别。使用这两种语言的人基本上是可以彼此沟通的，只是在书写系统的拼音和语汇上有一些差异。造成这种差别的主要原因，是由于印尼语从爪哇语和荷兰语中借用了不少词汇。比如说，马来语中的“邮局（post office）”是“pejabat pos”，但是印尼语中的“邮局”则是“kantor pos”，这是借用“kantoor”这个荷兰语——荷兰语中的“办公室（office）”——而产生的词汇。
在20世纪以前，由于多数的马来人都信奉伊斯兰教，所以他们是使用一种叫做“Jawi”的改良式阿拉伯字母书写系统来进行书写的。之后，另外一种叫做“Rumi”的拉丁字母书写系统，则逐渐在日常生活中取代了“Jawi”原本的地位。马来西亚和印尼在书写系统上的差别，其实正反映了当时统治两地的不同殖民政府---英国殖民政府和荷属东印度公司---在书写系统上的差别。 印度尼西亚语高级教程图片