1644年（清顺治元年），准噶尔部玉姆阿噶生下噶尔丹，为首领巴图尔珲台吉第六子。出生后不久，西藏黄教上层特派人到准噶尔，认定噶尔丹为西藏尹咱呼图克图（温萨活佛）的第八世化身。[5] [6] [7]
1652年（顺治九年），噶尔丹以温萨活佛的名义，与巴图尔珲台吉派人到北京朝贡，使者在张家口觐见了入朝的五世达赖喇嘛。
噶尔丹自幼“喜奉释氏，有大志，好立奇功”，据说巴图尔珲台吉想立他为继承人，但噶尔丹推辞说有哥哥在，便只身入藏。[77] 1656年（顺治十三年）闰正月十二日，达赖喇嘛在拉萨大昭寺举行的祈愿大法会上接受了噶尔丹的供养及礼品，并给他授法给顶。在拉萨见到达赖喇嘛后，去扎什伦布寺拜班禅博克多为师，成为座主班禅，接受佛学教育。[8] [9] [7]
1662年（康熙元年），四世班禅圆寂后，噶尔丹到拉萨，在达赖喇嘛门下学经。他表现出色，学有所成，颇受五世达赖喇嘛的赏识。他在西藏拥有自己的“温萨寺”，通过布施获得了可观的财产。[7]
1666年（康熙五年）十一月二十三日，噶尔丹随同到拉萨朝圣的僧格夫人策妄札勒姆回准噶尔。[10] 当时咱雅班第达已死，噶尔丹成为卫拉特地区宗教地位高、学识渊博的活佛。[7] 他不仅主持重要的宗教仪式，曾用蒙古文翻译了大量的藏文经典[11] ，为去世的鄂齐尔图汗的儿子噶尔达玛举行超度仪式。[7]
噶尔丹在外交方面也相当活跃。1668年（康熙七年）4月初，俄国使者伯林与僧格就惕列乌特人等问题会谈后，于同月6日，噶尔丹在接见了俄国使者伯林。[12] 1669年（康熙八年）10月，噶尔丹接见了俄国使者鲁兹次基，为报复僧格使者伊什被俄国当局投入托木斯克监狱的行为，噶尔丹不给鲁兹茨基一行提供食宿，并将其关进布哈拉地下牢房。[13]