微生物（microorganism）是存在于自然界的一群体形微小、结构简单、肉眼看不见、必须借助光学或电子显微镜放大数百倍、数千倍甚至数万倍才能观察到的微小生物。微生物在自然界广泛存在，但只有部分微生物可以侵犯人体引起疾病，这些微生物被称为病原微生物或病原体。病原微生物与人类之间进行着长期而复杂的斗争，病原微生物通过不断繁殖、变异和进化，增强自己的毒力或致病力是人类疾病的罪魁祸首，人类则通过机体强大的免疫系统消灭、排出、战胜入侵的病原微生物[2] 。病原体侵入人体后，人体就是病原体生存的场所，医学上称为病原体的宿主。病原体在宿主中进行生长繁殖、释放毒性物质等引起机体不同程度的病理变化，这一过程称为感染。不过人体或动物不像人工培养细菌的培养基，可以让病菌不受限制地肆意生长繁殖，轻易地导致机体死亡。病原体入侵人体后，在发生感染的同时，能激发人体免疫系统产生一系列免疫应答与之对抗，这称之为免疫。
感染和免疫是一对矛盾，其结局如何，根据病原体和宿主两方面力量强弱而定。如果宿主足够强壮，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原体也多半会逐渐消亡，于是患者康复；如果宿主很虚弱而病原体很凶猛，则感染扩散，病人将会死亡。
除了宿主自身的力量，有效的抗菌药物和其它措施的协同作用也是必不可少的，在多种因素的共同作用下，大多数疾病是可以很快治好的。依靠不断发展的科学进步，总是能够不断控制和消灭有害人类和动物的微生物。
有研究表明，浇灌粪肥的蔬菜会被病原微生物污染，距离施肥时间越近，蔬菜表面大肠菌群数量越多，用自来水浸泡、冲洗等方法对去除蔬菜表面的大肠菌群有一定效果，其中以冲洗效果最佳。此外，最好的杀灭蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。 病原微生物
根据病原微生物的组成及结构，可将其分为三大类：
主要包括病毒和朊粒等。病毒无细胞结构，仅由蛋白质外衣包裹核酸构成，如甲型肝炎病毒、SARS冠状病毒等。朊粒是一种感染性蛋白质分子，能够引起动物和人类脑组织慢性海绵体变性，如疯牛病及人类的库鲁病。
由裸露的DNA盘绕形成原始核质，没有核膜和细胞器，包括细菌、立克次体、衣原体、支原体、螺旋体，属于广义的细菌范畴。
包括真菌、原虫等。此类微生物具有核膜和复杂的细胞器，如引起疟疾的疟原虫及引起皮肤病的霉菌等[2] 。