荧光检测的主要缺点在于只有少数化合物产生荧光。大多数的分子不发荧光，但含有可衍生的官能团用于合成能发荧光的衍生物，例如，邻苯二甲醛是一种常用荧光基团用于柱后衍生氨基酸。虽然荧光检测很灵敏，但对于常见的样品分析来说不需要如此高的灵敏度。因为ELSD的响应不依赖于荧光基团，所以不需要衍生，因此大大降低了样品预处理和分析时间。
荧光定量：采用国际主流的荧光定量PCR技术，迅速提升技术水平。 荧光检测
结果稳定：检测结果CV值与进口全自动PCR仪接近，具有自检功能，避免错误数据的输出。
封闭操作：全部检测过程均为闭管操作，于反应管处检测荧光，有效防止污染，解决PCR技术中最棘手之难题。
准确定量：满足临床对量化的需求，定量范围宽，可涵盖大部分病原微生物，自动曲线拟合。
灵敏度高：利用光谱信号灵敏性的优势，有效提高检测灵敏度。
安全：全程无毒检测。
操作简便：省去后处理的烦琐过程。
直接打印：直接打印结果，无须记录大量数据。
升级版：FS1000有与电脑连接的数传输口，可以连接电脑，根据用户需要提供先进分析软件，全面分析实验数据。（电脑和打印机选配件）
故障率低：维护非常简单。
节约资源：可利用现用PCR扩增仪，最大限度节约资源。
优点是速度快，非常适合做大数量统计，且样品只被检测一次，完全不用担心荧光淬灭的问题。缺点是只能检测荧光的有无、强度大小，无法提供空间定位信息，无法做荧光定位变化的实验；由于样品只被检测一次，因此无法对同一个样品进行连续观察。例如，做膜蛋白定位时会得到这么一个结果——用流式可以检测出信号，但是用显微镜却看不到东西，排除仪器和滤光片选择问题，很可能是核的自发荧光或非特异标记造成流式的假阳性结果。 荧光检测
刚好与流式互补，可很好地进行空间观察，判断目标蛋白的定位，但是不适合做大流量检测，估计没人能经得起时间的考验。有不同倍率的物镜选择，可以使用高倍物镜看精细结构，或用小倍率物镜做少量统计。与之搭配的CCD和软件，是系统能否发挥性能的关键。尤其是CCD，从那么多商品里选一款合适的不容易，需要了解很多知识否则只能听别人忽悠。
荧光显微镜的升级产品，具有很好的光学层切效果，能得到很好三维定位信息。但是，如果使用共聚焦的目的仅仅是为你的样品拍一张靓照，取得一张好看的图片，就让人觉得可惜了。共聚焦基本都是全自动系统，可随意定义照明区域、选择多个荧光通路和设定定时取图，所以，做Time-laps、FRAP和FRET有其独到的优势。另外，4Pi和STED又是其中的极品，具有超高的空间分辨率，只是使用不方便，未必适合做生物实验。