孙则禹教授重视临床实践，手术技巧娴熟。他善于学习，理论基础扎实。他在国内率先开展了保留性神经的前列腺癌根治术。又最早将此手术中保留性神经的方法引入根治性全膀胱切除术，取得了良好的临床疗效，减少了这两种手术引起的阳痿并发症，提高了患者术后的生活质量。孙则禹教授于1998年主编出版了《现代肾上腺外科学》。2001年又主编了我国泌尿外科学界第一部地方史志《江苏泌尿外科史志》，2002年主编了《临床疾病诊疗知识——泌尿外科分册》等著作。近期由孙则禹、孙光、孙颖浩共同主编的《睾丸肿瘤外科及手术学》已经付梓，即将出版。
由于孙则禹教授在医学上的卓著贡献，他获得了国内医学界的承认并得到了许多荣誉。其主持的科研曾获二十余项国家级、省级及市级科技进步奖项。1998年,他荣获江苏省政府授予的“有突出贡献中青年专家”光荣称号。2001年获得国务院政府特殊津贴。2002年被美国Georgia医学院聘为泌尿外科客座教授，成为该院200年历史上的第一位来自中国的客座教授。