1980年，前身大新珍贵动物保护站成立。 保护区内景
2000年，经大新县机构编制委员会同意，大新县珍贵动物保护站更名为广西恩城自然保护区管理处。
2002年，广西壮族自治区人民政府以《关于进一步明确我区林业系统地方级自然保护区级别等有关问题的批复》确认恩城自然保护区为林业部门管理的自治区级自然保护区。[1]
2011年，正式启动申报工作。
2012年3月，国家林业局保护司同意广西恩城自然保护区申报国家级自然保护区。[2]
2012年9月，国务院委托国家级保护区评审委员会的专家到保护区进行了实地考察。
2012年12月27日，广西恩城自然保护区晋升为国家级自然保护通过了国家级自然保护区评审委员会评审。[3]
2013年12月25日，经国务院审定，成为国家级自然保护区[4] 。
2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，广西大新恩城黑叶猴重要栖息地入选。[13]
广西恩城国家级自然保护区位于广西壮族自治区崇左市大新县境内，范围在东经106°58′16″－107°15′36″，北纬22°36′29″－22°50′05″之间。保护区由3块独立的分区组成，分别为：恩城榄圩分区、雷平分区、堪圩安民分区。[5]
保护区地处南亚热带南沿，热量资源丰富，光照充足，气温较高，夏长冬短，雨量充沛，干湿季节分明，具有明显的南亚热带季风气候特点。雨量分配不均，春干、秋旱、夏涝、冬少雨。[6]
保护区内群峰叠嶂，溶洞遍布，溶洞内钟乳石千姿百态；山间河流纵横，村庄错落。是集自然保护区和自然景观为一体的峰丛洼地、峰林谷地岩溶地貌型风景区。[7]
保护区旅游资源丰富，有景点恩城岛，恩城河，岛上有小玲珑山、扁桃古树、土司衙门遗址等景观，周围还有九峰山汉岩画，元明字山石刻和造像等古迹。[8]
广西恩城国家级自然保护区位于广西西南部的大新县，距县城13公里，距南宁160公里。保护区北接大新县那岭乡那岭村逐美屯，南部与雷平镇振兴村冬丈屯相连，西与下雷自治区级自然保护区相接，东至榄圩乡新吉村陇内屯。[1] 保护区范围涉及大新县桃城、恩城、雷平、那岭、堪圩、榄圩6个乡镇34个村（居）委会，总面积25819.6公顷，其中核心区面积7810.2 公顷，缓冲区面积5401.8 公顷，实验区面积12607.6 公顷。[5] 区域范围