水生植物的根，一般不发达或完全消失；常无主根；根的分枝少或不分枝；有些没有根毛；所有表皮都有吸收功能；贮气组织发达；维管束退化。水生植物的根主要起固着作用，在浅水处生长的挺水植物种类的根兼有吸收养料的功能，但较陆生植物而言，依然保有一般水生植物的特点。[12]
水生植物的茎常分枝少而纤细；维管束不发达；机械组织常不发达；气道和细胞间隙大；表皮具有吸收功能；表面防止水分消失的角皮不发达或完全缺少；皮层细脸含有叶绿素，能进行光合作用。许多种类都有多年生的根茎，质不坚实，但气道极发达。[12]
水生植物叶片差异很大。生长在空气中的部分有陆生植物的形态和构造特点。
沉水叶常纤细或分裂为多数细长的裂片，或薄而宽大；叶柄常短缺或变为鞘包于茎上；无气孔；全部细胞能行光合作用；无栅栏组织和海绵组织的分化；在叶的先端常具有与叶脉相接的道水组织；细胞间隙大；机械组织不发达。
漂浮叶多为圆形、椭圆形、心脏形或长卵形；多具有细长或具有气囊的粗大叶柄，气孔只发生在叶的正面；叶的正面具发达角质层，或具有蜡质层或茸毛，使水分不易侵入亦不易蒸发；叶的背面则和沉水叶的特征相同。
气生叶的形态和构造与陆生植物相同，但一般质地嫩弱，细胞间隙较大。
水生植物中有很多种类都有“异叶现象”，常在一株植物上具有沉水叶和漂浮叶或气生叶，这些沉水植物因为有这样的适应性，能够水陆两生，可称之为“两栖植物”。[12]
水生植物的花多具有能露出水面的花茎，在空气中开花，借风媒或虫媒传粉，例如眼子菜（Potamogeton distin-ctus）、睡莲等；有的是在水中开花，花粉很轻，成熟后，漂浮水面，雌花的柱头弯曲达于水面进行授粉，如苦草；或者花粉重，成熟后即下沉落于雌花的柱头上，如角果藻（Zannichellia palustris L.）。[12]