17世纪前叶，卫藏扰攘，格鲁派和噶玛噶举针锋相对。罗桑却吉坚赞本是后藏日喀则札什伦布寺的寺主。四世达赖喇嘛圆寂后，他到拉萨主持三大寺和格鲁派上层的事务，负责寻访并教授达赖喇嘛的转世灵童。罗桑却吉坚赞与五世达赖喇嘛于1641年（明朝崇祯14年）将从新疆进入青海的蒙古势力固始汗部引入西藏，消灭了一直排斥格鲁派支持噶举派的掌权者藏巴汗。固始汗封罗桑却吉坚赞为“班禅博克多”。“博克多”是蒙古语，意为睿智英武。从此开始有了班禅这一称号。后来格鲁派确认他为四世班禅，追认宗喀巴的门徒克珠杰为一世班禅，索南乔朗为二世班禅，罗桑敦朱为三世班禅。
罗桑却吉坚赞圆寂后，他的继承人罗桑意希于1713年（康熙五十二年）被清廷正式册封为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。从此，历世班禅额尔德尼成为该活佛转世系统的正式名称，经中央政府册封方得以确认，也成为一项定制。其驻锡地为日喀则的扎什伦布寺。班禅的影响主要在后藏，以日喀则为中心。
第一世 克珠杰·格勒贝桑 (mkhas-grub-rje dpal-bzang 1385-1438)
第二世 索南乔朗(bsod-nams phyogs-glang, 1439-1504)
第三世 罗桑敦珠(blo-bzang don-grub, 1505-1566)
第四世 罗桑却吉坚赞(blo-bzang chos-kyi tgyal-mtshan,1567-1662)
第五世 罗桑意希(blo-bzang ye-shes, 1663-1737)
第六世 巴丹益希(blo-bzang dpal-ldan ye-shes, 1738-1780)
第七世 丹贝尼玛(bstan-pa’I nyi-ma,1781-1853)
第八世 丹贝旺秋(bstan-pa’Idbang-bhyug1854-1882)
第九世 却吉尼玛(chos-kyi nyi-ma, 1883-1937)
第十世 确吉坚赞(chos-kyi tgyal-mtshan, 1938-1989 )
第十一世确吉杰布（1990-）
一世班禅克珠杰·格勒贝桑（1385-1438)。宗喀巴大师的弟子。童年时在萨迦寺出家，拜萨迦派的僧格坚赞为师，受了沙弥戒。16岁时去昂仁寺与珀东班禅等辩论经教，获得胜利，声誉鹊起。随后又返回萨迦寺，从吉尊热蓬娃学习密宗。于藏历第七绕迥之土马年（1438）三月二十一日圆寂。于公元1645年将克珠杰追认为第一世班禅额尔德尼。
二世班禅索南乔朗（1439-1504)。1439年正月十日诞生在后藏恩萨（今日喀则江当区）地方，后在甘丹寺出家为僧，拜甘丹赤巴拔梭·曲结坚赞为师。勤奋好学，精通显密二宗，特别善长于辩论，得有格西学位。中年以后，离开甘丹寺返回后藏，驻锡隐更寺，专事禅修，不问俗务，有僧徒十六人。于1504年3月25日圆寂，享寿65岁。后来被追认为二世班禅额尔德尼。