1638年，北美康涅狄格成为英国的殖民地。一批来自英国的清教徒乘坐五月花号飘洋过海来到昆尼皮亚克海湾定居，并使之逐渐发展成为繁荣的纽黑文新港。约翰·达文波特牧师认为教育可以让欧洲文明在美国生根，遂倡议在这里建立大学。虽然他的计划屡屡遭挫，但其思想却影响了当地的许多人。 耶鲁大学
1701年，以詹姆士·皮尔庞特为首的一批公理会传教士说服康州法院同意成立一所教会学校，使青年“可以学习艺术和科学为教会和国家服务”，10位受托管理学校的牧师从他们藏书不多的图书馆里拿出40本书，作为建校的资本。
1701年10月，牧师们推举哈佛大学毕业生亚伯拉罕·皮尔逊为第一任校长，教会学校于是正式成立。但直到第二年3月，学校才有了第一个学生雅各布·海明威。1707年，第一批18名学生被授予学士学位。开始的时候学校没有校舍，学生分散在康州的6个城市学习。1716年，托管人投票一致同意将学校迁至纽黑文。
18世纪30年代至80年代，耶鲁在伯克利主教、斯泰尔斯牧师、波特校长等的不懈努力下，逐渐由学院发展为大学。
因清教派领袖C．马瑟对哈佛大学越来越对不信教者采取宽容态度而深感不满，于是鼓励英国不列颠东印度公司高层官员伊莱休·耶鲁捐款建立这所新校。为了感谢耶鲁先生的捐赠，学校正式更名为“耶鲁学院”，它就是耶鲁大学的前身。学校初期的课程设置注重古典学科，坚持正统的宗教观点。1828年，美国举国上下提出大学课程设置应着重实用学科，耶鲁大学校长J．戴就此发表《耶鲁报告》，为传统课程进行辩护，这个报告直到南北战争后仍有影响，减缓了美国各大学引进实用文理课程的进程。1908年，耶鲁大学开始不再要求学生必修古希腊语。在当时校长A．哈德利的影响下，开始注重专业训练。耶鲁大学图书馆藏书600万册，是美国最大的图书馆之一。耶鲁大学美术馆建于1823年，收藏广泛，是美国大学中最早设立的美术馆之一。耶鲁大学的皮波第自然历史博物馆收藏有古生物、考古和人类文化方面的重要文物。1969年以前，耶鲁只招收男生，此后才男女同校。