首次对印加萝卜进行确认的是德国植物学家格哈德沃尔·珀斯（Gerhard Walpers），其1843年将印加萝卜正式命名为“Lepidium meyenii”。但从20世纪60年代末开始，秘鲁首都利马（Lima）圣马科斯大学（San Marcos University）的植物学家格劳瑞亚·查康（Gloria Chacon）博士基于形态学观察和比较分析德国和美国的印加萝卜干燥样本，结合自己长期的印加萝卜组织化学和药理学研究，指出当时生长在秘鲁的印加萝卜在很多形态学特征上不像德国植物学家哈德沃尔·珀斯所描述的那样，而且两者的组织化学、药用功能有着较大的区别。同时指出哈德沃尔·珀斯所采集的印加萝卜样本不是从印加萝卜原产地的秘鲁Puna生态区获得的，因此她宣称只有秘鲁生产的印加萝卜才是原产地印加萝卜植物，并命名为“Lepidium peruvianum G. Chacon de Popovici”[3] 。
印加萝卜与“Lepidium peruvianum”的争议一直存在，直到2015年的一项多中心研究发现，在比较这两个物种时，分类学、视觉外观、植物化学特征和DNA序列都存在差异，这表明二者实际上是不同的，不应被视为同义词[4] 。
“Maca”为印加萝卜的英文俗称，同时由于其在营养成分和增强精力的功效上可与人参媲美，因此又被称为“秘鲁人参”或“南美人参”。此外，印加萝卜还有更多的盖丘亚族语和西班牙语俗称，例如“maka”、“maca-maca”、“maino”、“ayak chichira”等[5] 。
早期的记载表明，5800年前印加萝卜作为一种食用植物就已经在南美出现，两千多年以前，印加萝卜被胡宁（Junin）湖畔的圣布拉斯（San Blas）地区土著居民驯化种植，这使得原本生存环境极度恶劣的高原上有部族能够长期定居下来。在公元1100年以前，由于口感独特、食用安全根茎营养丰富且具有增强精力和耐力的功效，印加萝卜已经作为日常食粮在安第斯山区的一些土著部落中得到广泛种植。当地人采集印加萝卜鲜根，与肉或其他蔬菜一起炒熟食用，晒干后则可切片、磨粉，用水或搭配牛奶煮熟食用，把印加萝卜根与蜂蜜和水果一起榨成汁饮用在当地也很流行。此外，秘鲁的史书有记载，称印加萝卜不仅是营养丰富的食品，而且还是具有多种神奇功效的药草，正是基于这种药食同源的特性，印加萝卜才得以种植延续[5] 。